در سال 1945 دکتر هاینریش نثلر و دکتر هانس هینز دفتر خود را در محوطه بیمارستان دانشگاه اپندورف به همراه بیست نفر از کارمندشان تاسیس کردند. این افراد با هدف کمک به روند بازسازی و کمک به بهبود شرایط زندگی مردم، داستان اپندورف امروز را آغاز کردند. این تیم در سال 1946 محرک عضلانی را ساختند. این وسیله نه تنها برای تحقیقات عصبی فیزیولوژیکی و فارماکولوژیکی، بلکه برای تشخیص و درمان پزشکی گامی بزرگ به جلو بود. در ادامه و در سال 1950 فتومتر اپندورف برای نیازهای بالینی ساخته شد. تا پیش از سال 1961 دانشمندان نمونه های خود را به سختی با دهان خود در لوله های شیشه ای می مکیدند. تا اینکه اپندورف در سال 1961 یک اختراع انقلابی را راه اندازی کرد: اولین سمپلر ضربه ای پیستون. پس از این کشف، این کار را می توان با دقت و سرعت بسیار بیشتر با سمپلر میکرولیتری، با کسری از حجم نمونه مورد نیاز قبلی، انجام داد. در سال‌های بعد، اپندورف یک سیستم میکرولیتری کامل، شامل لوله‌های واکنش، میکسرها، سانتریفیوژها و پیپت‌ها را توسعه داد.

اپندورف در سال 1965 اولین دفتر مرکزی خود را در هامبورگ آلمان تاسیس میکند. تجزیه و تحلیل سریع تعداد فزاینده ای از نمونه ها، دستاوردی بود که در سال 1960 و با کمک اولین آنالایزر خودکار صورت گرفت. در سال 1974، پانصدمین کارمند به استخدام اپندورف در آمد تا در یک رویکرد کل نگر، تیم های اپندورف به صورت میان رشته ای، خلاقانه و کاربردی با هم کار کنند. در سال 1975 یک کارخانه جدید در اولدنبورگ آلمان افتتاح شد. در این کارخانه، مواد قابل مصرف با کیفیت بالا در یک اتاق تمیز تولید میشد. امروزه سالانه بیش از دو میلیارد محصول یکبار مصرف پلاستیکی از این کارخانه خارج می شود. در سال 1978 اپندورف اولین Multipette® 4780 را راه اندازی کرد. این توزیع کننده دستی هنوز هم یکی از موفق ترین محصولات اپندورف است. این دیسپنسر می تواند مایع را نه تنها یک بار، بلکه در دوزهای از پیش تعریف شده تکرار کند. سیستم Multipette with Combitips یکی از پیشروترین سیستم های توزیع دستی است که توسط اپندرف معرفی شد. در سال 1984 کیفیت برتر محصولات اپندورف نتیجه داد. در این سال نام تجاری اپندورف در سراسر جهان ثبت شد. بیش از یک میلیون پیپت تا سال 1984 فروخته شد. و گروه اپندورف به گردش مالی 100 میلیون آلمانی دست یافت.

با تزریق مایعات به سلول های فردی، سلول خود به یک لوله آزمایش تبدیل می شود. برای این منظور، اپندورف Microinjector را در سال 1985 توسعه داد که برنده جایزه نوبل نیز شد. در سال 1993 اپندورف با سیستم اندازه گیری EDOS® 5222، یک دستگاه همه کاره و با کارایی بالا برای همه وظایف توزیع مایعات در آزمایشگاه ایجاد کرد. در سال 1994 پیپت های چند کاناله دستی ایجاد شدند. در واقع به این واسطه می توان پیپت چند کاناله متغیر Titerman که قابل کالیبره شدن دارد و برای خروجی نمونه بالا است، را از یک پیپت 8 کانالی به یک پیپت 12 کانالی تبدیل کرد. جایزه اپندورف برای محققان جوان اروپایی که با جایزه نقدی 15000 یورویی همراه است، از سال 1995 هر سال اعطا می شود. این جایزه، دستاوردهای برجسته و رویکردهای تحلیلی جدید در زمینه تحقیقات زیست پزشکی که روش های زیست شناسی مولکولی را به کار می برند، تجلیل می کند. در سال 2000 اپندورف به یک شرکت سهام تبدیل می شود و به عنوان یک هولدینگ فعالیت های کنترلی گسترده ای را به دست می آورد. گردش مالی بیش در این بازه از 258 میلیون آلمانی است.

“نیوبرانزویک ساینتیفیک” در سال 2007 به گروه اپندورف پیوست و مجموعه اپندورف را با طیف وسیعی از تجهیزات نوآورانه برای رشد فرهنگ، شناسایی و ذخیره سازی غنی کرد و تیم پشتیبانی خود را برای ادامه تعهد خود به خدمات مشتریان برجسته گسترش داد. اپندورف ابتکار epGreen خود را در سال 2009 راه اندازی کرد. هدف این بود که بارهای وارد شده بر محیط زیست ناشی از تولید و استفاده از محصولات اپندورف کاهش پیدا کند. این تلاش‌ها به سمت کل چرخه عمر محصول، از توسعه، تولید و حمل و نقل گرفته تا استفاده، نگهداری و دفع تجهیزات قدیمی هدایت می‌شوند. Eppendorf گروه DASGIP را در اوایل سال 2012 خریداری کرد. تکمیل خطوط تولید فعلی نیوبرانزویک تا حدودی مدیون راه حل های نرم افزاری DASGIP و کیفیت بالای آنهاست. در سال 2013 میکروتیوب های 5.0 میلی لیتری اپندرف با سیستم تطبیق آداپتورها، روتورها، قفسه ها و لوازم جانبی خود در بازار عرضه شد.